प्रकाश और इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी के बीच अंतर नोट किया गया है।
एक ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप और एक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप के बीच अंतर यह है कि एक ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप केवल कुछ कोशिका संरचनाओं को ही देख सकता है, जैसे कोशिका दीवारें, क्लोरोप्लास्ट, दागदार गुणसूत्र, माइटोकॉन्ड्रिया, नाभिक, आदि छोटे अंग। संक्षेप में, प्रकाश सूक्ष्मदर्शी कोशिकाओं की सूक्ष्म संरचना देख सकता है, और इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी सूक्ष्मदर्शी संरचना देख सकता है।
मुख्य अंतर आवर्धन है. ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप की आवर्धन सीमा होती है, और ज़ूम कितना भी बड़ा क्यों न हो, मानव आंख इसे अलग नहीं कर सकती। y(min)=0.61*वेवलेंथ)/(n*sinu) —— भले ही n*sinu को तेल में डुबोया जाए, अधिकतम लगभग 1.5 है, और बाकी तरंगदैर्घ्य के आकार पर निर्भर करता है। इसलिए, अधिकतम ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप लगभग 1000 गुना है, और ज़ूम इन करना बेकार है। इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप इमेजिंग के लिए इलेक्ट्रॉन बीम का उपयोग करते हैं, और तरंग दैर्ध्य दृश्य प्रकाश की तुलना में बहुत छोटा है, इसलिए न्यूनतम रिज़ॉल्यूशन दूरी y (मिनट) बहुत अधिक है छोटे, और छोटे विवरणों को हल किया जा सकता है, और आवर्धन कई मिलियन तक पहुंच सकता है।
