उनके ऑप्टिकल पथ के संदर्भ में प्रतिदीप्ति सूक्ष्मदर्शी दो प्रकार के होते हैं:
1. ट्रांसमिशन प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप: उत्तेजना प्रकाश स्रोत का उपयोग कंडेनसर लेंस के माध्यम से नमूना सामग्री से गुजरकर प्रतिदीप्ति को उत्तेजित करने के लिए किया जाता है। आमतौर पर उपयोग किए जाने वाले डार्क फील्ड कंसंट्रेटर्स का भी उपयोग किया जा सकता है, और नमूने पर उत्तेजना प्रकाश को पुनर्निर्देशित और साइडलोब करने के लिए रिफ्लेक्टर को समायोजित करने के लिए साधारण कंसंट्रेटर्स का उपयोग किया जा सकता है। यह अपेक्षाकृत पुराने जमाने का प्रतिदीप्ति सूक्ष्मदर्शी है। इसका लाभ कम आवर्धन पर मजबूत प्रतिदीप्ति है, लेकिन इसका नुकसान यह है कि बढ़ते आवर्धन के साथ इसकी प्रतिदीप्ति कम हो जाती है। इसलिए, बड़े नमूना सामग्रियों का अवलोकन करना बेहतर है।
2. गिरती हुई प्रकाश प्रतिदीप्ति सूक्ष्मदर्शी आधुनिक समय में विकसित एक नए प्रकार की प्रतिदीप्ति सूक्ष्मदर्शी है। उपरोक्त के विपरीत, उत्तेजना प्रकाश वस्तुनिष्ठ लेंस से नीचे की ओर नमूने की सतह पर गिरता है, प्रतिदीप्ति एकत्र करने के लिए रोशनी कंडेनसर और वस्तुनिष्ठ लेंस के समान वस्तुनिष्ठ लेंस का उपयोग करता है। ऑप्टिकल पथ में एक दोहरे रंग बीम स्प्लिटर को जोड़ने की आवश्यकता है, जो प्रकाश यूरेनियम से 45 डिग्री अलग है। कोण, उत्तेजना प्रकाश वस्तुनिष्ठ लेंस में परिलक्षित होता है और नमूने पर केंद्रित होता है। नमूने द्वारा उत्पन्न प्रतिदीप्ति, साथ ही उद्देश्य लेंस और कवर ग्लास की सतह से परावर्तित उत्तेजना प्रकाश, उद्देश्य लेंस में प्रवेश करती है और दोहरे रंग किरण विभाजक पर लौटती है, उत्तेजना प्रकाश और प्रतिदीप्ति को अलग करती है। फिर अवशिष्ट उत्तेजना प्रकाश को अवरोधक फिल्टर द्वारा अवशोषित कर लिया जाता है। यदि उत्तेजना फिल्टर/दोहरी रंग किरण विभाजक/अवरुद्ध फिल्टर के विभिन्न संयोजनों का उपयोग किया जाता है, तो वे विभिन्न फ्लोरोसेंट प्रतिक्रिया उत्पादों की जरूरतों को पूरा कर सकते हैं। इस प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप के फायदे समान क्षेत्र रोशनी, स्पष्ट इमेजिंग और बड़े आवर्धन के साथ मजबूत प्रतिदीप्ति हैं।
